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---+!! <center>Plugin Yorick pour la librairie <em>amdlib</em></center>

%TOC%

---++ Introduction
Le but de cette activité consiste à reprendre le _plugin_ existant _ammyorick_, et :
   * d'intégrer le plugin dans le module _amdlib_,
   * de mettre en place la génération automatique du _wrapper_ des fonctions de la librarie de réduction de données _amdlib_,
   * d'extraire, remettre en forme et documenter les fonctions Yorick strictement nécessaires à la réduction des données AMBER,
   * d'extraire le plugin cftisio, et le placer dans le module _yoco_ ; module des contributions Yorick du LAOG
   * d'extraire les fonctions d'usage général du module et le placer dans le module _yoco_ 
   * de décomposer la procédure _check data quality_ (voir [[#Compte_rendu_reunion_du_13_fevri][réunion du 13 février]]), 
      * calcul des visibilités brutes,
      * sélection d'images,
      * calcul des visibilités moyennées
      * calcul de visibilités calibrées
      * visionneur de fichiers OI-FITS s'adaptant au contenu
   * d'intégrer la génération (non basée sur Latex) du fichier pdf au visionneur 
   * de fournir une procédure d'installation simplifiée
   * de finaliser la documentation utilisateur

Le responsable scientifique est Main.FabienMalbet, et la responsable technique est Main.EvelyneAltariba.


---++ Description détaillée
Le plugin Yorick est intégré au module _amdlib_ actuel, dans le réperoire _yorick_. Pour le besoin du développement de ce plugin, le module amdlib est archivé sous CVS sur le [[Laog.GRIL.AssuranceQualite.GestionConfiguration][serveur du LAOG]].

---+++ Procédure d'installation
La procédure d'installation a été simplifiée, et est décrite sur la [[AmdlibPluginYorickInstallation][page suivante]]

---+++ Documentation utilisateur
La documentation utilisateur doit :
   * refléter la dernière version du logiciel, 
   * inclure des exemples,
   * préciser les limites d'utilisation,
   * fournir les _justifications_ scientifiques (référence aux publications)

---++ Compte-rendu reunion du 13 fevrier
Etaient presents: 
   * Florentin Millour (au bout du telephone)
   * Fabien Malbet
   * Sylvain Guieu
   * Gerard Zins
   * Evelyne Altariba 

*autoComputeVis* et *<nop>ComputeVis* fourniront des fichiers  _OI-FITS bruts_, c'est a dire que sur les fichiers produits aucune selection de frames n'aura ete effectuee. Le seul parametre modifiable est le binning (taille de 1 par defaut). Sinon, leur fonctionnement demeure le meme que precedemment.

Les traitements seront decomposes en utilisant les fonctions suivantes:
   * une fonction de selection de frames, nommee *amdlibPerformFrameSelection*, qui fait un appel a un programme C. Cette fonction:
      * prend en entree un fichier OI-FITS "brut" (comme ceux renvoyes par autoComputeVis, i.e. pas de selection prealable, binning autorise).
      * fait un appel a un programme C qui:
         * determine quelles sont les bonnes frames (suivant le critere choisi)
         * moyenne les visibilites, clotures, phases, pistons... sur ces bonnes frames
         * sauvegarde les donnees produites dans un nouveau fichier OI-FITS (qel nom donner? *AMBER_..._RED_VIS.fits* ??)
   * une fonction qui permet de calibrer les observations, qui est realisee en yorick. Cette fonction, nommee *amdlibCalibrateOIData* (ou autrement...):
      * prend en entree  deux blocs de fichiers, un ensemble d'observations (sur le meme objet de science et effectuees avec la meme P2VM), et un ensemble de donnees OI-FITS sur un calibrateur (meme P2VM que les observations de science). Les fichiers d'entree doivent tous etre des OI-FITS avec la meme selection effectuee sur les frames.
      * load ces differents fichiers.
      * fait le travail de calibration (moyennage, puis division par les donnees du calibrateurs, elles aussi moyennees)
      * sauvegarde le resultat dans un nouveau fichier OI-FITS. (quel nom donner? *AMBER_..._CAL_VIS.fits* ??)
   * une fonction de visualisation, fonction "intelligente" permettant d'afficher des fichiers OI-FITS, appelee *amdlibShowOIFITS* (???). Cette derniere:
      * affiche les differents graphes en fonction du nombre de telescopes, des informations disponibles et des informations pertinantes en fonction de celles disponibles. 
      * effectue la sauvegarde de la feuille resultat sous le format ps, utilisant la fonction *hcps*, et plus les utilitaires de <nop>LatexUtils.i

A ete decide ce qui suit concernant l'avenir de checkDataQuality:
   * Avant, cette fonction evaluait la qualite des donnees et effectuait un traitement sur les images: selection des bonnes frames et calibration par un calibrateur. Dans la nouvelle version, ces traitements seront realises dans des fonctions separees. 
      * une nouvelle fonction, nommee *amdlibCheckDataQuality*, ou *amdlibCheckExposureQuality*, va etre fournie. Cette fonction ne travaille que sur un seul fichier OI-FITS "brut", et effectue les actions suivantes:
         * selection et moyennage: appel a la fonction *amdlibPerformFrameSelection*, decrite ci-dessus.
         * affichage du fichier obtenu : appel a la fonction *amdlibShowOIFITS*, drcite egalement ci-dessus.
      * une autre fonction, nommee *amdlibCheckObservationQuality* (???), sera egalement mise a disposition. 
         * division par le calibrateur, et sauvegarde du fichier obtenu: appel a la fonction *amdlibCalibrateOIData* decrite au-dessus.
         * affichage du fichier resultat : appel a la fonction *amdlibShowOIFITS*.

L'avenir de la fonction checkNightQuality est relegue a plus tard. Pour l'instant la priorite est de finaliser la reprise de checkDataQuality.

Concernant les actions a faire:
   * selection de frames : EA.
   * *amdlibShowOIFITS*: FMi et FMa
   * calibration: EA met en place le squelette de la fonction *amdlibCalibrateOIData*, laissant un "trou" a Florentin qui completera les traitements concernant les moyenages et divisions. Le reste (load, save...) lui sera fourni. 

-- Main.GerardZins - 08 Jan 2007
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Topic revision: r11 - 2007-02-25 - EvelyneAltariba