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---+!! <center>Plugin Yorick pour la librairie <em>amdlib</em></center>

%TOC%
---++ Introduction
Le but est de cette activité consiste à:
   * mettre en place la génération automatique du _plugin_ Yorick des fonctions de la librarie de réduction de données _amdlib_,
   * extraire (du module _ammyorick_), remettre en forme et documenter les fonctions Yorick strictement nécessaires à la réduction des données AMBER,
   * extraire le plugin cftisio
   * finaliser la procédure _check data quality_
   * reprendre la génération du fichier pdf
   * fournir une procédure d'installation simplifiée
   * finaliser la documentation utilisateur

Le reponsable scientifique est Main.FabienMalbet, et la responsable technique est Main.EvelyneAltariba.

---++ Description détaillée
Le plugin Yorick est intégré au module _amdlib_ actuel, dans le réperoire _yorick_. Pour le besoin du développement de ce plugin, le module amdlib est archivé sous CVS sur le [[Laog.GRIL.AssuranceQualite.GestionConfiguration][serveur du LAOG]].

---+++ Génération du _plugin_
Le fichier d'interface =amdlibYorick.i= et la librairie =amdlib.so= sont générés automatiquement à partir des fichiers de déclaration =amdlib.h= et amdlibYorick.h, en exécutant les commandes suivantes dans le répertoire =yorick=.
<verbatim>
   yorick -batch make.i
   make update
   make all install
</verbatim>

La liste des fonction du _plugin_ sont les suivantes:
 %EDITTABLE{ format="|text, 80, Ancien nom | text, 80, Nouveau nom | select, 1, Non, Oui | select, 1, Non, Oui |" changerows="on" }%
| *Ancien nom* | *Nouveau nom* | *Reprise* | *Testée* |
| amdlibVersion | - | Oui | Non |
| amdlibLoadRawData | - | Oui | Non |
| amdlibLoadRawDataHdr | - | Oui | Non |
| amdlibLoadRawFrames | - | Oui | Non |
| amdlibCalibrateRawData | - | Oui | Non |
| amdlibGetRawData | - | Oui | Non |
| amdlibSetRawData | - | Oui | Non |
| amdlibLoadBadPixelMap | - | Oui | Non |
| amdlibSetBadPixelMap | - | Oui | Non |
| amdlibGeneratePixelBiasData | - | Oui | Non |
| amdlibGetPixelBiasData | - | Oui | Non |
| amdlibSetPixelBiasData | - | Oui | Non |
| amdlibCreatePixelBiasData | - | Oui | Non |
| amdlibSetFlatFieldMap | - | Oui | Non |
| amdlibLoadFlatFieldMap | - | Oui | Non |
| amdlibGetWaveDataFromRawData | - | Oui | Non |
| amdlibGetOiArrayFromRawData | - | Oui | Non |
| amdlibRawData2ScienceData | - | Oui | Non |
| amdlibGetOiTargetFromRawData | - | Oui | Non |
| amdlibGetScienceData | - | Oui | Non |
| amdlibSetScienceData | - | Oui | Non |
| amdlibLoadP2VM | - | Oui | Non |
| amdlibGetP2vm | - | Oui | Non |
| amdlibAddToP2vmData | - | Oui | Non |
| amdlibComputeP2VM | - | Oui | Non |
| amdlibSaveP2VM | - | Oui | Non |
| amdlibComputeVisibilities | - | Oui | Non |
| amdlibWriteOiFile | - | Oui | Non |
| amdlibReadOiFile | - | Oui | Non |
| amdlibGetPhot | - | Oui | Non |
| amdlibGetVis | - | Oui | Non |
| amdlibGetVis2 | - | Oui | Non |
| amdlibGetVis3 | - | Oui | Non |
| amdlibGetWavelength | - | Oui | Non |
| amdlibGetPiston | - | Oui | Non |

---+++ Extraction et reprise des fonctions Yorick
La reprise consiste principalement à documenter les fonctions et appliquer les règles de programmation (plus précisément de nommage) du langage C.
La liste des fonctions à reprendre est la suivante:
%EDITTABLE{ format="|select, 1, Non Oui | text, 80, Ancien nom | text, 80, Nouveau nom | select, 1,  Non, Oui | select, 1, Non, Oui | text, 80, Fichier | text, 80, Description | " changerows="on" }%
| *A retoucher* | *Ancien nom* | *Nouveau nom* | *Reprise* | *Testée* | *Fichier* | *Description* |
| Non | ammyorickP2VM |  | Non | Non |  |  |
| Non | ammyorickUtils |  | Non | Non |  |  |
| Non | ammyorickVis |  | Non | Non |  |  |
| Non | ammyorickEasyUse |  | Non | Non |  |  |
| Non | ammyorickMaintenance |  | Non | Non |  |  |
| Non | ammyorickSim |  | Non | Non |  |  |
| Non | depla |  | Non | Non |  |  |
| Non | ammyorickRawData |  | Non | Non |  |  |
| Non | ammyorickSpecCalib |  | Non | Non |  |  |
| Non | ammyorickDataQuality |  | Non | Non |  |  |
| Non | latexUtils  |  | Non | Non |  |  |
| Non | linfit  |  | Non | Non |  |  |
| Non | plg_err  |  | Non | Non |  |  |
| Non | plmenu  | amdlibManageFileChooser | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Display a file/directory browser and manage the user's choice |
| Non | pondAvg  |  | Non | Non |  |  |
| Non | strReplace  | _amdlibStrReplace | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Reurns a a copy of one string after having replaced a substring by another one |
| Non | strkot | _amdlibStrkot | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | variant of strtok function |
| Non | strsep  | _amdlibStrsep | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Splits a string array and output the result after deleting the delimiter |
| Non | unwrap  |  | Non | Non |  |  |
| Non | generateDoc  |  | Non | Non |  |  |
| Non | remove_multiple  |  | Non | Non |  |  |
| Non | ammyorickUVW  |  | Non | Non |  |  |
| Non | makeAutolog | amdlibCreateAutolog | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Creates a new automatic log file |
| Non | readAutolog | amdlibReadAutolog | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Reads an automatic log file |
| Non | menuChoose | _amdlibMenuChooseBox | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Open graphic box to navigate across directories and choose a file or a directory |
| Non | pldir | _amdlibDisplayFiles | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | display files and directories. |
| Non | listDir | _amdlibListDirs | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | lists the content of a given directory |
| Non | extractDirsHiddens | _amdlibExtractHiddens | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | List files and/or directories according to the fact they are visible or hidden |
| Non | getCroppedText | _amdlibGetCroppedText - ???? | Non | Non | amdlibAutoLog.i |  |
| Non | scrollBarPlot | _amdlibPlotScrollBar | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Plots a scroll bar |
| Non | checkText | _amdlibCheckText - ???? | Non | Non | amdlibAutoLog.i |  |
| Non | get_files_keys | _amdlibGetKwdVals | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Reads keywords' values in the fits files specified in a given array |
| Non | str2long | _amdlibStr2Long | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Convert a string into a long integer |
| Non | is_AMBER_CALfile | _amdlibIsCalFile | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Determine if files given as input are calibration ones or not |
| Non | lsltr | _amdlibListCurrentDir | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | lists files and directories within the current working directory |
| Non | lecmanchar | _amdlibList2String | Oui | Non | amdlibAutoLog.i | Get a list of files and dirs, and split it to store info in a string array |
| Non | autoComputeP2VM | amdlibAutoComputeP2vm | Oui | Non | amdlibP2VM.i | Compute all possible P2VMs from a set of calibration files. |
| Non | cutFileName | _amdlibSplitFileName | Oui | Non | amdlibP2VM.i | Split file name into 3 strings: directory, name and extension |
| Non | ComputeP2VM | amdlibComputeOneP2vm | Oui | Non | amdlibP2VM.i | Compute a P2VM |
| Non | showP2VM | amdlibShowP2vm | Oui | Non | amdlibP2VM.i | Plots the most relevant data contained in the specified P2VM file |
| Non | loadP2VM | amdlibLoadOneP2vm | Oui | Non | amdlibP2VM.i | Load specified P2VM file |
| Non | getTimestamp | _amdlibGetTimeStamp | Oui | Non | amdlibP2VM.i |  Return the time stamp |
| Non | autoComputeVis | amdlibAutoComputeVis | Oui | Non | amdlibVis.i | Compute all OI-FITS files relative to all observation files given |
| Non | computeTime | _amdlibComputeTime | Oui | Non | amdlibVis.i | From an AMBER date format, returns a number of seconds |
| Non | str2double | _amdlibStr2Double | Oui | Non | amdlibVis.i | Convert a string into a double precision float |
| Non | ComputeVis | amdlibComputeOneVis | Oui | Non | amdlibVis.i | Computes visibilities of an observation file and store them in OI-FITS file. |
| Non | showVis | amdlibShowVis | Oui | Non | amdlibVis.i | Plots the most relevant data contained in the specified OI-FITS file |
| Non | loadVis | amdlibLoadOifitsFile | Oui | Non | amdlibVis.i | Load specified OI-FITS file. |
| Non | readVis | _amdlibReadVis | Oui | Non | amdlibVis.i | Load visibility data and store them into yorick arrays |
| Non | correctNans | _amdlibCorrectNans | Oui | Non | amdlibVis.i | replaces all the "not a number" (NaN) values in an array |
| Non | isNan | _amdlibIsNan | Oui | Non | amdlibVis.i | Check if the figure is tagged as NaN |
| Non | isInf | _amdlibIsInf | Oui | Non | amdlibVis.i | Check if the figure is tagged as infinite |
| Non | correctInfs | _amdlibCorrectInfs | Oui | Non | amdlibVis.i | replaces all the infinite values in an array |
| Non | getCpxVis | _amdlibGetCpxVis | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the complex weighted visibilities. |
| Non | getErrCpxVis | _amdlibGetErrCpxVis | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the errors on complex weighted visibilities. |
| Non | getDiffVis | _amdlibGetDiffVis | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the differential visibilities values |
| Non | getErrDiffVis | _amdlibGetErrDiffVis | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the errors on differential visibilities |
| Non | getDiffPhase | _amdlibGetDiffPhase | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the differential phase values |
| Non | getErrDiffPhase | _amdlibGetErrDiffPhase | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the errors on the differential phase |
| Non | getVis2 | _amdlibGetVis2 | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the squared visibilities values |
| Non | getErrVis2 | _amdlibGetErrVis2 | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the errors on squared visibilities  |
| Non | getClos | _amdlibGetClos | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the complex bispectrum values |
| Non | getErrClos | _amdlibGetErrClos | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the errors on complex bispectrum values |
| Non | getFrgContrastSNR | _amdlibGetFrgContrastSNR | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the averaged over the wavelength fringe contrast |
| Non | getTime | _amdlibGetTime | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the dates each frame was observed |
| Non | getFluxPiMorePj | _amdlibGetFluxSumPiPj | Oui | Non | amdlibVis.i | ?????????????????????? |
| Non | getFluxRatPiPj | _amdlibGetFluxRatPiPj | Oui | Non | amdlibVis.i | ????????????????????? |
| Non | getPiMultPj | _amdlibGetPiMultPj | Oui | Non | amdlibVis.i | ?????????????????????? |
| Non | getPiston | _amdlibGetPiston | Oui | Non | amdlibVis.i | Get a yorick array containing the achromatic piston values |
| Non | plotAmberBar | Nouveau nom | Non | Non | amdlibGraphics.i | Description |
| Non | cRite | Nouveau nom | Non | Non | amdlibGraphics.i | Description |
| Non | plotVisGraphs | Nouveau nom | Non | Non | amdlibGraphics.i | Description |
| Non | plotVisMap | Nouveau nom | Non | Non | amdlibGraphics.i | Description |
| Non | plotVis | Nouveau nom | Non | Non | amdlibGraphics.i | Description |
| Non | plg_err | Nouveau nom | Non | Non | amdlibGraphics.i | Description |

L'avant-dernière colonne indique le nom du fichier dans lequel la nouvelle fonction est définie.

---+++ Extraction du plugin cftisio
Le plugin Yorick pour cfitsio doit être un package indépendant de amdlib.

---+++ Finalisation de la procédure _check data quality_

---+++ Reprise de la génération du fichier pdf 
La génération du fichier pdf résultant de _check data quality_ doit être repris pou utiliser les outils intégrés à Yorick et non plus Latex
 
---+++ Procédure d'installation simplifiée
La procédure d'installation du package amdlib doit être simplifiée. L'installation de Yorick, rlterm, cfitio et fftw doit être faite séparément.

---+++ Documentation utilisateur
La documentation utilisateur doit :
   * reflétée la dernière version du logiciel, 
   * inclure des exemples,
   * préciser les limites d'utilisation,
   * fournir les _justifications_ scientifiques (référence aux publications)

-- Main.GerardZins - 08 Jan 2007
Topic revision: r6 - 2007-02-09 - TWikiAdministrator