(r14) JmmcModelFitting < Jmmc/Software

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Bienvenue sur cette page dédiée aux activités R&D du groupe modelfitting du [[http://www.jmmc.fr][JMMC]]

Actuellement, <b>il ne faut pas hesiter a fournir tous type d'information dans ce topic</b>. On verra au fur et a mesure comment optimiser l'organisation.
%TOC%

---+ Presentation du logiciel <nop>ModelFitting
<img src="%ICONURL{todo}%" width="37" height="16" alt="TODO" border="0" /> remplir ce paragraphe (en anglais peut-etre puisque ce sera certainement reutilise et ca existe meme peut etre deja...)

---++ Capacités et limites du logiciel
...

---++ Documentation existante:
---+++ Sur le [[http://www.jmmc.fr/doc/?workingGroup=2300][serveur de documentation du JMMC]]
<iframe src="http://www.jmmc.fr/doc/?workingGroup=2300" width="100%" height="400" name="SELFHTML_in_a_box">
<p>Votre navigateur ne peut malheureusement pas afficher de cadre incorporé:    Vous pouvez appeler la page incorporée
 par ce lien: <a href="http://www.jmmc.fr/doc/?workingGroup=2300">SELFHTML</a></p>
</iframe>

---++ BUGS
   %ICON{led-green}% Resolu    %ICON{led-orange}% en analyse    %ICON{led-red}% a analyser

   %ICON{led-green}% GM: quelques  [[http://jmmc.fr/~mella/mfRes/ref1/][settings]] rencontrent des erreurs lors de parametres negatifs.<br/>
GM: ne faut'il pas forcer une borne min pour certains modeles?      
Pour trace reponse de MT:
<verbatim>
> > elong_disk_Obj1_with_oidata
> > ERROR (lpb_elong_disk) AXIS_RATIO of the ellipse < 1 : not possible
> >   LINE: 370  FILE: /home/users/mella/ysDev/yoga/LITpro/yorick/LITpro_basic.i
> > yorick: quitting on error in batch mode

> > elong_gaussian_Obj1_with_oidata
> > ERROR (lpb_elong_gaussian) FWHM_RATIO of the elongated gaussian < 1 : not possible
> >   LINE: 398  FILE: /home/users/mella/ysDev/yoga/LITpro/yorick/LITpro_basic.i

Dans ces deux cas, il n'y a pas de contrôle. Il y avait dans "LIT" la
possibilité de définir des bornes "programmeur", différentes des bornes
"utilisateur". Mais la gestion était devenue lourde. En particulier, cela
compliquait la création d'un modèle utilisateur. Cela a été supprimé dans
"LITpro" en renvoyant un message d'erreur (ici brutal !) à l'utilisateur
qui doit agir en conséquence.

Au niveau de l'interface, on peut imaginer initialiser les bornes avec des
valeurs par défaut lorsque l'utilisateur sélectionne une fonction
particulière. C'est plus difficile à faire lorsque l'utilisateur écrit
directement dans le fichier de configuration.
</verbatim>
Remarque de GM: Cela parait interessant de se baser sur les initialisation au niveau du GUI. On peut facilement communiquer au GUI ces informations en initialisant correctement la liste de modeles supportes par le serveur. Par contre ce serait très souhaitable que le mecanisme soit automatique comme pour les unites( c'est a dire que l'information se trouve dans le code yorick).  On pourrait egalement rajouter la description documentation, pour un affichage dans le GUI.<br/>
GM: C'est ce qui vient d'etre fait debut mars 08. 



---+++ Format d'entree des fichiers de donnees
LITpro peut accepter plusieurs type de fichiers d'entree, mais il vaut mieux concentrer les effort en se basant sur OIFITS. Il faut suivre le développement de l'outil qui permet de valider les fichiers OIFITS.

---++ Capacités et limites du GUI
Il existe un fichier de  [[http://jmmc.fr/~mella/LITproDev/Releases.html][Release]] dedie au GUI.
   *  Le GUI peut presenter des lenteurs pouvant laisser croire qu'il est bloque (par exemple afficher le panneau 'result'). Il faut parfois etre patient (Ca ne veut pas dire qu'il n'y a pas de bugs... :-) )
   * Le GUI dispose d'une page d'aide tres sommaire (menu Help->Show Help). On peut donc rajouter les informations "pour avoir une aide rapide sur la signification des paramètres (axis ratio, scale, weight, etc)."
   * Les fichiers xml de setting embarquent (a l'heure actuelle) les fichiers oifits associés. Du coup, le GUI dispose dans le panneau "File panel" d'un bouton "Save embedded file". Cela peut donc eviter par exemple de passer en piece jointe le fichier xml et les fits.

---+++ BUGS
   %ICON{led-green}% Resolu    %ICON{led-orange}% en analyse    %ICON{led-red}% a analyser

   %ICON{led-green}% AD: le clique droit sur les noms des paramètres ne semble pas marcher sur l'interface java.<br/>
GM: il faut d'abord le selectionner pour faire le clique droit (c'est note dans les 'requested features' des [[http://jmmc.fr/~mella/LITproDev/Releases.html][releases]])<br/>
GM: cela ne suffisait pas sur les plateformes windows, mais le bug est corrigé


---+ Utilisation
---++ Les fichiers d'exemples 
On peut depuis la page principale [[http://jmmc.fr/modelfitting/][modelfitting]] accéder à l'espace de partage de fichier.

Il existe egalement la possibilite de faire un rapport sur les fits obtenus a partir de fichiers setttings. Liens vers les [[http://jmmc.fr/~mella/mfRes][pages protos]]

---++ Logiciel complet dans l'environnement yorick
Ce logiciel offre plus de fonctionnalites que l'interface graphique, mais necessite une installation et une utilisation dans un environnement de script avec Yorick.

<img src="%ICONURL{todo}%" width="37" height="16" alt="TODO" border="0" /> Placer et donner un pointeur sur le tgz de la distribution LITpro

<img src="%ICONURL{todo}%" width="37" height="16" alt="TODO" border="0" /> Moins urgent: indiquer comment contribuer au code.

---++ Logiciel final avec interface graphique (GUI)
[[http://jmmc.fr/modelfitting/ys/html/][La page de l'interface graphique utilisateur ( Stable )]]<br/>
[[http://jmmc.fr/~mella/LITproDev][La page de l'interface graphique utilisateur ( Beta )]]<br/>


---+ Developpements
---++ Actions en cours:
%ACTION{ closed="" closer="" created="2008-02-27" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-03-07" notify="" state="open" uid="000546" who="Main.GuillaumeMella" }% Implementer le plot des residus au niveau du GUI
%ACTION{ closed="2008-03-12" closer="" created="2008-02-27" creator="Main.GuillaumeMella" due="2008-03-07" notify="" state="closed" uid="000023" who="Main.GuillaumeMella" }% integrer les fichiers du CDS indique dans le mail d'Olivier. J'ai aussi rajoute le fichier 2007-06-29.fits


---++ Points a transformer en actions:
Pour ajouter une action dans la liste, insérer la ligne suivante et remplacer le nom du responsable, la date et la description de l'action.<BR>
%<nop>ACTION{ who="Main.GerardZins" due="2-Jan-2007" }% Description de l'action<BR>
Pour plus d'info sur le plugin de suivi des actions, voir TWiki.ActionTrackerPlugin.

---+++ Points concernant LITpro
   * Les bornes de paramètres de modèles devraient être indique dans le code source yorick comme les unités
   * A la place de rayon angulaire il serait mieux d&#8217;utiliser directement le diamètre angulaire pour les paramètres d&#8217;entrée et de sortie. D&#8217;habitude on parle de rayon pour les grandeurs linéaires mais pas angulaires.
   * Pourquoi le fit ne marche pas si on fixe le paramètre "weigth" ? En plus, pour faire le fit de visibilités avec un modèle unique (un disque uniforme par exemple) ce paramètre n'est pas nécessaire et ne devrait pas compter comme un paramètre libre.
   * J'ai l'impression qu'il y a un problème avec le calcul des fréquences spatiales et donc avec le fit des modèles
   * Dans la description des paramètres du "elongated disk" ce n'est pas très claire si le "axis ratio" est le grand axe sur le petit ou vice-versa.
   * 17.03.08
Paramètres des fonctions modèles géométriques : proposition A VALIDER
avant changement, sur lequel on ne devrait pas revenir.
Inconvénient peut-être de ce changement : longueur du nom d'un
param. pour ring et elong_ring

(o- ==> paramètres non modifiés)<br />

o-    lpb_punct()          - Single point (Dirac function)<br />
argument : ufreq, vfreq, weight, x, y<br />
    lpb_disk()           - Uniform disk<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, diameter<br />
    lpb_circle()         - Circle<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, diameter<br />
o-    lpb_gaussian()       - Gaussian<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, fwhm  <br />
    lpb_ring()           - Uniform ring<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, internal_diameter, width<br />
    lpb_elong_disk()     - Ellipse (elongated disk)<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, minor_axis, axis_ratio, orientation<br />
o-    lpb_elong_gaussian() - Elongated Gaussian<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, minor_fwhm, fwhm_ratio, orientation  <br />
    lpb_elong_ring()     - Elongated uniform ring<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, minor_internal_diameter, diameter_ratio, width, orientation<br />
    lpb_limb_power()     - Limb-darkened disk with power law<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, diameter, power<br />
    lpb_limb_linear()    - Limb-darkened disk with linear law<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, diameter, a1_coeff<br />
    lpb_limb_quadratic() - Limb-darkened disk with quadratic law<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, diameter, a1_coeff, a2_coeff<br />
    lpb_limb_sqrt()      - Limb-darkened disk with square root law<br />
arguments : ufreq, vfreq, weight, x, y, diameter, a1_coeff, a2_coeff<br />
---+++ Points concernant le GUI
   * Est-ce qu&#8217;il y a une commande prévue pour unload un oifile ? Cela pourrait être nécessaire parfois.
   * Quand je fais un "remove model" pour essayer un fit avec un autre modèle après il me semble que l'ancien modèle n'est pas effacé du panneau "Model" et ensuite la commande "Run" ne marche pas.
   * Il faut cliquer deux fois sur la flèche vers le bas pour faire bien apparaître la liste de modèles.

---+ Retours sur les donnees partagees

Pour des retours sur des essais realisés avec les [[http://jmmc.fr/oidata][donnees partagees]], il existe un page dediee au [[JmmcModelFittingFeedBack][retour d'experience]].
Topic revision: r14 - 2008-03-18 - GuillaumeMella