Plugin Yorick pour la librairie amdlib

Introduction

Le but est de cette activité consiste à:

mettre en place la génération automatique du plugin Yorick des fonctions de la librarie de réduction de données amdlib,
extraire (du module ammyorick), remettre en forme et documenter les fonctions Yorick strictement nécessaires à la réduction des données AMBER,
extraire le plugin cftisio
finaliser la procédure check data quality
reprendre la génération du fichier pdf
fournir une procédure d'installation simplifiée
finaliser la documentation utilisateur

Le reponsable scientifique est FabienMalbet, et la responsable technique est EvelyneAltariba.

Description détaillée

Le plugin Yorick est intégré au module amdlib actuel, dans le réperoire yorick. Pour le besoin du développement de ce plugin, le module amdlib est archivé sous CVS sur le serveur du LAOG.

Génération du plugin

Le fichier d'interface amdlibYorick.i et la librairie amdlib.so sont générés automatiquement à partir des fichiers de déclaration amdlib.h et amdlibYorick.h, en exécutant les commandes suivantes dans le répertoire yorick.

   yorick -batch make.i
   make update
   make all install

La liste des fonction du plugin sont les suivantes:

Ancien nom	Nouveau nom	Reprise	Testée
amdlibVersion	-	Oui	Non
amdlibLoadRawData	-	Oui	Non
amdlibLoadRawDataHdr	-	Oui	Non
amdlibLoadRawFrames	-	Oui	Non
amdlibCalibrateRawData	-	Oui	Non
amdlibGetRawData	-	Oui	Non
amdlibSetRawData	-	Oui	Non
amdlibLoadBadPixelMap	-	Oui	Non
amdlibSetBadPixelMap	-	Oui	Non
amdlibGeneratePixelBiasData	-	Oui	Non
amdlibGetPixelBiasData	-	Oui	Non
amdlibSetPixelBiasData	-	Oui	Non
amdlibCreatePixelBiasData	-	Oui	Non
amdlibSetFlatFieldMap	-	Oui	Non
amdlibLoadFlatFieldMap	-	Oui	Non
amdlibGetWaveDataFromRawData	-	Oui	Non
amdlibGetOiArrayFromRawData	-	Oui	Non
amdlibRawData2ScienceData	-	Oui	Non
amdlibGetOiTargetFromRawData	-	Oui	Non
amdlibGetScienceData	-	Oui	Non
amdlibSetScienceData	-	Oui	Non
amdlibLoadP2VM	-	Oui	Non
amdlibGetP2vm	-	Oui	Non
amdlibAddToP2vmData	-	Oui	Non
amdlibComputeP2VM	-	Oui	Non
amdlibSaveP2VM	-	Oui	Non
amdlibComputeVisibilities	-	Oui	Non
amdlibWriteOiFile	-	Oui	Non
amdlibReadOiFile	-	Oui	Non
amdlibGetPhot	-	Oui	Non
amdlibGetVis	-	Oui	Non
amdlibGetVis2	-	Oui	Non
amdlibGetVis3	-	Oui	Non
amdlibGetWavelength	-	Oui	Non
amdlibGetPiston	-	Oui	Non

Extraction et reprise des fonctions Yorick

La reprise consiste principalement à documenter les fonctions et appliquer les règles de programmation (plus précisément de nommage) du langage C. La liste des fonctions à reprendre est la suivante:

Ancien nom	Reprise	Testée
ammyorickP2VM	Non	Non
ammyorickUtils	Non	Non
ammyorickVis	Non	Non
ammyorickEasyUse	Non	Non
ammyorickMaintenance	Non	Non
ammyorickSim	Non	Non
depla	Non	Non
ammyorickRawData	Non	Non
ammyorickSpecCalib	Non	Non
ammyorickDataQuality	Non	Non
latexUtils	Non	Non
linfit	Non	Non
plg_err	Non	Non
plmenu	Non	Non
pondAvg	Non	Non
strReplace	Non	Non
strkot	Non	Non
strsep	Non	Non
unwrap	Non	Non
generateDoc	Non	Non
remove_multiple	Non	Non
ammyorickUVW	Non	Non

La dernière colonne indique le nom du fichier dans lequel la fonction est définie.

Extraction du plugin cftisio

Le plugin Yorick pour cfitsio doit être un package indépendant de amdlib.

Finalisation de la procédure check data quality

Reprise de la génération du fichier pdf

La génération du fichier pdf résultant de check data quality doit être repris pou utiliser les outils intégrés à Yorick et non plus Latex

Procédure d'installation simplifiée

La procédure d'installation du package amdlib doit être simplifiée. L'installation de Yorick, rlterm, cfitio et fftw doit être faite séparément.

Documentation utilisateur

La documentation utilisateur doit :

reflétée la dernière version du logiciel,
inclure des exemples,
préciser les limites d'utilisation,
fournir les justifications scientifiques (référence aux publications)

-- GerardZins - 08 Jan 2007

Topic revision: r1 - 2007-01-08 - GerardZins