Plugin Yorick pour la librairie amdlib

Introduction

Le but de cette activité consiste à reprendre le plugin existant ammyorick, et :

• d'intégrer le plugin dans le module amdlib,
• de mettre en place la génération automatique du wrapper des fonctions de la librarie de réduction de données amdlib,
• d'extraire, remettre en forme et documenter les fonctions Yorick strictement nécessaires à la réduction des données AMBER,
• d'extraire le plugin cftisio, et le placer dans le module yoco ; module des contributions Yorick du LAOG
• d'extraire les fonctions d'usage général du module et le placer dans le module yoco
• de décomposer la procédure check data quality (voir réunion du 13 février),
  • calcul des visibilités brutes,
  • sélection d'images,
  • calcul des visibilités moyennées
  • calcul de visibilités calibrées
  • visionneur de fichiers OI-FITS s'adaptant au contenu
• d'intégrer la génération (non basée sur Latex) du fichier pdf au visionneur
• de fournir une procédure d'installation simplifiée
• de finaliser la documentation utilisateur

Le responsable scientifique est FabienMalbet, et la responsable technique est EvelyneAltariba.

Description détaillée

Le plugin Yorick est intégré au module amdlib actuel, dans le réperoire yorick. Pour le besoin du développement de ce plugin, le module amdlib est archivé sous CVS sur le serveur du LAOG.

Procédure d'installation

La procédure d'installation a été simplifiée, et est décrite sur la page suivante

Documentation utilisateur

La documentation utilisateur doit :

• reflétée la dernière version du logiciel,
• inclure des exemples,
• préciser les limites d'utilisation,
• fournir les justifications scientifiques (référence aux publications)

Compte-rendu reunion du 13 fevrier

Etaient presents:

• Florentin Millour (au bout du telephone)
• Fabien Malbet
• Sylvain Guieu
• Gerard Zins
• Evelyne Altariba

autoComputeVis et ComputeVis fourniront des fichiers OI-FITS bruts, c'est a dire que sur les fichiers produits aucune selection de frames n'aura ete effectuee. Le seul parametre modifiable est le binning (taille de 1 par defaut). Sinon, leur fonctionnement demeure le meme que precedemment.

Les traitements seront decomposes en utilisant les fonctions suivantes:

• une fonction de selection de frames, nommee amdlibPerformFrameSelection, qui fait un appel a un programme C. Cette fonction:
  • prend en entree un fichier OI-FITS "brut" (comme ceux renvoyes par autoComputeVis, i.e. pas de selection prealable, binning autorise).
  • fait un appel a un programme C qui:
    • determine quelles sont les bonnes frames (suivant le critere choisi)
    • moyenne les visibilites, clotures, phases, pistons... sur ces bonnes frames
    • sauvegarde les donnees produites dans un nouveau fichier OI-FITS (qel nom donner? AMBER_..._RED_VIS.fits ??)
• une fonction qui permet de calibrer les observations, qui est realisee en yorick. Cette fonction, nommee amdlibCalibrateOIData (ou autrement...):
  • prend en entree deux blocs de fichiers, un ensemble d'observations (sur le meme objet de science et effectuees avec la meme P2VM), et un ensemble de donnees OI-FITS sur un calibrateur (meme P2VM que les observations de science). Les fichiers d'entree doivent tous etre des OI-FITS avec la meme selection effectuee sur les frames.
  • load ces differents fichiers.
  • fait le travail de calibration (moyennage, puis division par les donnees du calibrateurs, elles aussi moyennees)
  • sauvegarde le resultat dans un nouveau fichier OI-FITS. (quel nom donner? AMBER_..._CAL_VIS.fits ??)
• une fonction de visualisation, fonction "intelligente" permettant d'afficher des fichiers OI-FITS, appelee amdlibShowOIFITS (???). Cette derniere:
  • affiche les differents graphes en fonction du nombre de telescopes, des informations disponibles et des informations pertinantes en fonction de celles disponibles.
  • effectue la sauvegarde de la feuille resultat sous le format ps, utilisant la fonction hcps, et plus les utilitaires de LatexUtils.i

A ete decide ce qui suit concernant l'avenir de checkDataQuality:

• Avant, cette fonction evaluait la qualite des donnees et effectuait un traitement sur les images: selection des bonnes frames et calibration par un calibrateur. Dans la nouvelle version, ces traitements seront realises dans des fonctions separees.
  • une nouvelle fonction, nommee amdlibCheckDataQuality, ou amdlibCheckExposureQuality, va etre fournie. Cette fonction ne travaille que sur un seul fichier OI-FITS "brut", et effectue les actions suivantes:
    • selection et moyennage: appel a la fonction amdlibPerformFrameSelection, decrite ci-dessus.
    • affichage du fichier obtenu : appel a la fonction amdlibShowOIFITS, drcite egalement ci-dessus.
  • une autre fonction, nommee amdlibCheckObservationQuality (???), sera egalement mise a disposition.
    • division par le calibrateur, et sauvegarde du fichier obtenu: appel a la fonction amdlibCalibrateOIData decrite au-dessus.
    • affichage du fichier resultat : appel a la fonction amdlibShowOIFITS.

L'avenir de la fonction checkNightQuality est relegue a plus tard. Pour l'instant la priorite est de finaliser la reprise de checkDataQuality.

Concernant les actions a faire:

• selection de frames : EA.
• amdlibShowOIFITS: FMi et FMa
• calibration: EA met en place le squelette de la fonction amdlibCalibrateOIData, laissant un "trou" a Florentin qui completera les traitements concernant les moyenages et divisions. Le reste (load, save...) lui sera fourni.

-- GerardZins - 08 Jan 2007