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AMBER Data Reduction Software

Introduction

Le but de cette activité consiste à reprendre le plugin existant ammyorick, et :
  • d'intégrer le plugin dans le module amdlib,
  • de mettre en place la génération automatique du wrapper des fonctions de la librarie de réduction de données amdlib,
  • d'extraire, remettre en forme et documenter les fonctions Yorick strictement nécessaires à la réduction des données AMBER,
  • d'extraire le plugin cftisio, et le placer dans le module yoco ; module des contributions Yorick du LAOG
  • d'extraire les fonctions d'usage général du module et le placer dans le module yoco
  • de décomposer la procédure check data quality (voir réunion du 13 février),
    • calcul des visibilités brutes,
    • sélection d'images,
    • calcul des visibilités moyennées
    • calcul de visibilités calibrées
    • visionneur de fichiers OI-FITS s'adaptant au contenu
  • d'intégrer la génération (non basée sur Latex) du fichier pdf au visionneur
  • de fournir une procédure d'installation simplifiée
  • de finaliser la documentation utilisateur

Le responsable scientifique est FabienMalbet, et la responsable technique est EvelyneAltariba.

Procédure d'installation

La procédure d'installation a été simplifiée, et est décrite sur la page suivante

Documentation utilisateur

La documentation utilisateur doit :
  • refléter la dernière version du logiciel,
  • inclure des exemples,
  • préciser les limites d'utilisation,
  • fournir les justifications scientifiques (référence aux publications)

Action en cours

%ACTION{ due="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000175" state="open" created="13-Nov-2006" who="Main.GuillaumeMella" closer="" notify="" }% Creer la page Web et mettre en ligne pour le telechargement du logiciel AMBER DRS %ACTION{ due="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000291" state="open" created="2-Jan-2007" who="Main.GerardZins" closer="" notify="" }% Créer une page pour le téléchargement des 'contrib' (fftw, cfitsio, rlterm, yorick) accessible par tous. %ACTION{ closed="26-Feb-2007" due="21-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000435" state="closed" created="19-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" closer="" notify="" }% Terminer l'implementation de la lecture des fichiers OI-FITS pour le calcul des visibilites calibrees et l'affichage des visibilites %ACTION{ closed="26-Feb-2007" due="21-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000436" state="closed" created="19-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" closer="" notify="" }% Terminer l'implementation de l'ecriture de fichiers OI-FITS pour la sauvegardes visibilites calibrees %ACTION{ closed="2-Mar-2007" due="26-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000437" state="closed" created="19-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" closer="" notify="" }% Rediger une version 'draft' du manuel utilisateur %ACTION{ closed="26-Feb-2007" due="26-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000438" state="closed" created="19-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" closer="" notify="" }% Implementer la sauvegarde des visibilites non moyennees, apres selection (possibilites d'enchainer les selections) %ACTION{ closed="2-Mar-2007" due="28-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000439" state="closed" created="19-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" closer="" notify="" }% Implementer la selection a partir d'une liste fournie par l'utilisateur (fournie par fichier externe) %ACTION{ due="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000464" state="open" created="25-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" }% Inclure la description du fichier de selection de frame dans le document 'VLT-SPE-AMB-15830-3984 - AMBER PRODUCT DATA SPECIFICATION' %ACTION{ due="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000469" state="open" created="26-Feb-2007" who="Main.GillesDuvert" }% Regarder et valider/corriger les calculs relatifs a la photometrie dans amdlib %ACTION{ due="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000470" state="open" created="26-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" }% Completer le header du fichier contenant la selection de frames; inclusion de l'historique %ACTION{ due="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000471" state="open" created="26-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" }% Regler le probleme des mots cles lors de noms de fichier tres long; faire du 'cropping' %ACTION{ closed="26-Feb-2007" due="26-Feb-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000472" state="closed" created="26-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" closer="" notify="" }% Integrer la selection de frames dans le plugin Yorick %ACTION{ due="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000473" state="open" created="26-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" }% Finaliser la documentation des fonctions Yorick %ACTION{ due="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000474" state="open" created="26-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" }% Reprendre les fonctions relatifs aux coordonnees UV suite aux changements faits par Gilles %ACTION{ due="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000475" state="open" created="26-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" }% Faire l'inventaire des fonctions Yorick, et decider des fonctions publiques/privees %ACTION{ due="9-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000476" state="open" created="26-Feb-2007" who="Main.EvelyneAltariba" }% Appliquer les regles de programmation Yorick %ACTION{ closed="3-Mar-2007" due="2-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000482" state="closed" created="1-Mar-2007" who="Main.GerardZins" closer="" notify="" }% Compiler le logiciel sur MacOs %ACTION{ due="5-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000488" state="open" created="3-Mar-2007" who="Main.FlorentinMillour" }% Implementer le visionneur de fichier OI-FITS %ACTION{ due="5-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000489" state="open" created="3-Mar-2007" who="Main.FlorentinMillour" }% Implementer le calcul des visibilites calibrees %ACTION{ closed="3-Mar-2007" due="2-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000490" state="closed" created="3-Mar-2007" who="Main.GerardZins" closer="" notify="" }% Corriger la fonction BYTYPE dans le selecteur de fichiers %ACTION{ closed="3-Mar-2007" due="2-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000491" state="closed" created="3-Mar-2007" who="Main.GerardZins" closer="" notify="" }% Corriger la selection mulitple dans le selecteur de fichiers; les traits de soulignement ne sont plus sous les fichiers selectionnes %ACTION{ closed="3-Mar-2007" due="2-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000492" state="closed" created="3-Mar-2007" who="Main.GerardZins" closer="" notify="" }% Remettre l'affichage des science data dans la fonction amdlibShowRawData %ACTION{ closed="3-Mar-2007" due="8-Mar-2007" creator="Main.GerardZins" uid="000494" state="closed" created="3-Mar-2007" who="Main.GerardZins" closer="" notify="" }% <<EOF Transferer (si justifie) les fonctions _amdlibGetKwdVals et _amdlibGetKeywValues dans le plugin cfitsio
  • La fonction _amdlibGetKeywValues() a ete supprime car non utilisee
  • La fonction _amdlibGetKwdVals() doit etre mise a jour pour pourvoir etre incluse dans le plugin,
EOF

Liste des fonctions

Fonction File Description Public
amdlibPerformFrameSelection amdlibDataQuality.i Performs a frame selection on input OI-FITS file yes
amdlibCalibrateOiData amdlibDataQuality.i Calibrates oi data yes
amdlibAppendCalibKeywords amdlibDataQuality.i Appends keywords in primary header so as to keep history after data calibration no
amdlibFile amdlibFile.i Describes functions present in amdlibFile.i file yes
amdlibFileChooser amdlibFile.i Displays a graphical file browser customized for AMBER data files no
amdlibCreateAutolog amdlibFile.i Creates an automatic log file from files of given directory. yes
amdlibReadAutolog amdlibFile.i Reads an automatic log file. no
amdlibGetColorsByFileType amdlibFile.i Return colors for the list of files. no
_amdlibIsCalFile amdlibFile.i Determine if files given as input are calibration ones. no
_amdlibGetKwdVals amdlibFile.i Reads keywords' values in the specified fits files. no
amdlibCopyright amdlibGraphics.i Prints copyrights in the plots. no
amdlibPlotColorLookupTable amdlibGraphics.i Plots a color lookup table in a color bar. no
amdlibPlotCascade amdlibGraphics.i Produce a "waterfall" plot of the data cube image. no
amdlibPlotOiVisGraphs amdlibGraphics.i   no
amdlibPlotVisMap amdlibGraphics.i   no
amdlibPlotWithErrBars amdlibGraphics.i   no
amdlibPlotSquareVis amdlibGraphics.i   no
amdlibPlotPhase amdlibGraphics.i   no
amdlibPlotClosurePhase amdlibGraphics.i   no
amdlibPlotSpectrum amdlibGraphics.i   no
amdlibPlotCorrelation amdlibGraphics.i   no
amdlibShowOiVis amdlibGraphics.i Shows all necessary information relative to an OI-FITS file. yes
amdlib amdlib.i Describes main Yorick functions related to amdlib plugin yes
amdlibSetOiVis amdlibOiStructures.i From a set of yorick arrays, builds an amdlibVIS structure. no
amdlibGetAllVisData amdlibOiStructures.i Gets all data contained in the amdlibVIS input structure no
_amdlibGetCpxVis amdlibOiStructures.i Gets the complex weighted visibilities no
_amdlibGetErrCpxVis amdlibOiStructures.i Gets errors on the complex weighted visibilities no
_amdlibGetDiffAmplitude amdlibOiStructures.i Gets the amplitudes of the differential visibilities. no
_amdlibGetErrDiffAmplitude amdlibOiStructures.i Gets errors on the amplitudes of the differential visibilities no
_amdlibGetDiffPhase amdlibOiStructures.i Gets the phases of the differential visibilities no
_amdlibGetErrDiffPhase amdlibOiStructures.i Gets errors on the phases of the differential visibilities no
_amdlibGetVisCovRI amdlibOiStructures.i   no
_amdlibGetVis2 amdlibOiStructures.i Gets the squared visibilities values. no
_amdlibGetErrVis2 amdlibOiStructures.i Gets errors on the squared visibilities values. no
amdlibGetAllVis2Data amdlibOiStructures.i Gets all data contained in the amdlibVIS2 input structure no
amdlibSetOiVis2 amdlibOiStructures.i From a set of yorick arrays, builds an amdlibVIS2 structure. no
amdlibGetClosAmp amdlibOiStructures.i Gets the complex bispectrum amplitude values. no
amdlibGetClosAmpErr amdlibOiStructures.i Gets errors on the complex bispectrum amplitude values. no
amdlibGetClosPhase amdlibOiStructures.i Gets the complex bispectrum phase values. no
amdlibGetClosPhaseErr amdlibOiStructures.i Gets errors on the complex bispectrum phase values. no
amdlibGetAllVis3Data amdlibOiStructures.i Gets all data contained in the amdlibVIS3 input structure no
amdlibSetOiVis3 amdlibOiStructures.i From a set of yorick arrays, builds an amdlibVIS3 structure. no
_amdlibGetFrgContrastSNR amdlibOiStructures.i Gets the averaged over the frames fringe contrast SNR no
_amdlibGetTime amdlibOiStructures.i Gets the dates each frame was observed. no
_amdlibGetFluxSumPiPj amdlibOiStructures.i   no
amdlibGetFluxSumPiPjErr amdlibOiStructures.i   no
_amdlibGetFluxRatPiPj amdlibOiStructures.i   no
amdlibGetFluxRatPiPjErr amdlibOiStructures.i   no
_amdlibGetPiMultPj amdlibOiStructures.i   no
amdlibGetAllPhotData amdlibOiStructures.i Gets all data contained in the amdlibPHOTOMETRY input structure no
amdlibSetPhotometry amdlibOiStructures.i From a set of yorick arrays, builds an amdlibPHOTOMETRY structure. no
amdlibGetAllPistonData amdlibOiStructures.i Gets all data contained in the amdlibPISTON input structure no
amdlibSetPiston amdlibOiStructures.i From a set of yorick arrays, builds an amdlibPISTON structure. no
amdlibGetAllWaveData amdlibOiStructures.i Gets all data contained in the amdlibWAVELENGTH input structure no
amdlibSetWave amdlibOiStructures.i From a set of yorick arrays, builds an amdlibWAVELENGTH structure. no
amdlibAutoComputeP2VM amdlibP2VM.i Computes all P2VMs from a set of calibration files located in input directory yes
amdlibComputeOneP2vm amdlibP2VM.i Computes a specific P2VM yes
amdlibShowP2VM amdlibP2VM.i Plots the most relevant data contained in the specified P2VM file. yes
amdlibLoadOneP2vm amdlibP2VM.i Loads a P2VM and store the result into yorick arrays. no
amdlibGetTimeStamp amdlibP2VM.i Gets the time stamp. no
amdlibVersion amdlibPlugin.i Prints or gets the version of amdlib. no
amdlibLoadRawData amdlibPlugin.i Loads raw data from a specific file. no
amdlibLoadRawDataHdr amdlibPlugin.i Loads raw data description information from a specific file. no
amdlibLoadRawFrames amdlibPlugin.i Loads frames data from a specific file. no
amdlibReleaseRawData amdlibPlugin.i Release memory allocated to store raw data. no
amdlibCalibrateRawData amdlibPlugin.i Applies cosmetic corrections on raw data no
amdlibReleasePixelBiasData amdlibPlugin.i Release memory allocated for pixel bias data. no
amdlibGetRawData amdlibPlugin.i Gets data stored in raw data structure and places them in amdlibREGION structure no
amdlibSetRawData amdlibPlugin.i Replaces the data stored in raw data structure no
amdlibLoadBadPixelMap amdlibPlugin.i Loads a bad pixel map file. no
amdlibSetBadPixelMap amdlibPlugin.i Set all values to the bad pixel map to the given value. no
amdlibGeneratePixelBiasData amdlibPlugin.i Computes the pixel bias from the given raw data. no
amdlibGetPixelBiasData amdlibPlugin.i Gets the data stored in pixel bias data structure no
amdlibSetPixelBiasData amdlibPlugin.i Replaces the data stored in pixel bias data structure no
amdlibCreatePixelBiasData amdlibPlugin.i Generates a pixel bias map containing the specified value for all pixels. no
amdlibSetFlatFieldMap amdlibPlugin.i Set all values to the flat field map to the given value. no
amdlibLoadFlatFieldMap amdlibPlugin.i Loads a flat field map file. no
amdlibGetWaveDataFromRawData amdlibPlugin.i Retrieve wave data structure from the specified raw data. no
amdlibGetWaveDataFromP2vm amdlibPlugin.i Retrieve wave data structure from the specified p2vm. no
amdlibGetOiArrayFromRawData amdlibPlugin.i Retrieve OI array structure from the specified raw data. no
amdlibReleaseOiArray amdlibPlugin.i Release memory allocated to store OI array information. no
amdlibGetOiTargetFromRawData amdlibPlugin.i Retrieve OI target structure from the specified raw data. no
amdlibReleaseOiTarget amdlibPlugin.i Release memory allocated to store OI target information. no
amdlibRawData2ScienceData amdlibPlugin.i Extracts from raw data the science data no
amdlibGetScienceData amdlibPlugin.i Gets the data stored in science data structure no
amdlibReleaseScienceData amdlibPlugin.i Release memory allocated to store science data. no
amdlibSetScienceData amdlibPlugin.i Copies a science data structure no
amdlibLoadP2VM amdlibPlugin.i Loads a P2Vm from given file. no
amdlibReleaseP2VM amdlibPlugin.i Release memory allocated to store a P2VM no
amdlibGetP2vm amdlibPlugin.i Gets the data stored in P2VM data structure no
amdlibAddToP2vmData amdlibPlugin.i Extracts science data from raw data, and stores them into a P2VM data structure. no
amdlibReleaseP2vmData amdlibPlugin.i Release memory allocated to store P2VM. no
amdlibComputeP2VM amdlibPlugin.i Computes the P2VM no
amdlibSaveP2VM amdlibPlugin.i Saves the P2VM. no
amdlibComputeVisibilities amdlibPlugin.i Compute the raw visibilities and pistons. no
amdlibReleasePhotometry amdlibPlugin.i Release memory allocated to store photometry. no
amdlibReleaseVis amdlibPlugin.i Release memory allocated to store visibilities values no
amdlibReleaseVis2 amdlibPlugin.i Release memory allocated to store square visibilities values no
amdlibReleaseVis3 amdlibPlugin.i Release memory allocated to store closure phases values no
amdlibReleaseWavelength amdlibPlugin.i Release memory allocated to store wavelength values no
amdlibReleasePiston amdlibPlugin.i Release memory allocated to store piston values no
amdlibWriteOiFile amdlibPlugin.i Writes OI files from the AMBER data contained in the amdlib structures no
amdlibReadOiFile amdlibPlugin.i Reads OI files and stored read informations in the amdlib structures no
amdlibGetPhot amdlibPlugin.i Gets the data stored in PHOTOMETRY data structure no
amdlibGetVis amdlibPlugin.i Gets the data stored in VIS data structure no
amdlibGetVis2 amdlibPlugin.i Gets the data stored in VIS2 data structure no
amdlibGetVis3 amdlibPlugin.i Gets the data stored in VIS3 data structure no
amdlibGetWavelength amdlibPlugin.i Gets the data stored in WAVELENGTH data structure no
amdlibGetPiston amdlibPlugin.i Gets the data stored in PISTON data structure no
amdlibShowRawData     no
amdlibLoadAndCalRawData     no
_amdlibLoadAndCalRawData     no
_amdlibGetRawData     no
_amdlibGetScienceData     no
_amdlibGetVLTILocation     no
_amdlibComputeUvwCoord     no
amdlibGetVLTIBaseVect     no
_amdlibPlotVLTIStations     no
amdlibComputeBaseVect     no
amdlibComputUvCoord     no
amdlibGetUVCoordinates     no
amdlibPlotUVCoordinates     no
amdlibPlotUsedVLTIStations     no
amdlibAutoComputeVis     no
_amdlibComputeTime     no
amdlibComputeOneVis     no
_amdlibReadVis     no
_amdlibCorrectNans     no
_amdlibIsNan     no
_amdlibIsInf     no
_amdlibCorrectInfs     no

-- GerardZins - 08 Jan 2007

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Topic revision: r15 - 2007-03-09 - EvelyneAltariba
 
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